本发明提供了一种磷石膏和粉煤灰制酸联产有机硅改性阻燃剂的方法，包括如下步骤：将磷石膏、粉煤灰、添加剂和改性剂混合并研磨制成生料，送入窑内焙烧，制得熟料，对熟料进行水磨溶出，并进行固液分离，分离得到的固体焙烧后加工制得硫酸，分离得到的液体加工得到高纯氢氧化铝，再进行改性，制得有机硅改性阻燃剂。本发明将磷石膏和粉煤灰进行综合利用，具有工艺简单，减少环境污染，附加值高的特点，且制得的氢氧化铝纯度高，是制备有机硅改性阻燃剂的良好原料，制备的有机硅改性阻燃剂的生产成本低，耐热性好的优势。